Au minimum, les flux de CO2 sont mesurés dans chaque site par la technique d’Eddy-covariance et/ou par la technique des chambres fermées. La technique d’Eddy-covariance permet aussi l’estimation des flux de chaleur latent et sensible, et de l’évapotranspiration. Il est également fortement recommandé de mesurer les flux de CH4.
La technique d’Eddy-covariance consiste à mesurer en un point précis la concentration en une espèce (ici, CO2, H2O, voire CH4) et une température. Simultanement, la vitesse et direction du vent est mesuré en ce même point. De ces paramètres en 3D, la composantes verticale du vent est extraite (cette composante correspond à la présence de tourbillons ou « eddy » en anglais) et en associant une vitesse de vent montant ou descendant avec une concentration, on peut obtenir un flux. Les calculs montrent qu’il faut en fait calculer la covariance des concentrations et de la vitesse du vent.